iPhone SE搭载首发的iOS9.3系统，其中 Night Shift模式是iOS 9.3的一个重点功能，能够根据实际环境光线来调整屏幕背光。当环境光很黑暗时，Night Shift会让屏幕背光降到一个合适的亮度，过滤蓝光。

除了Night Shift模式之外，iOS9.3还将为备忘录加入密码功能，用户可以为自己的备忘录进行加密，以确保自己的隐私不被窥视。密码支持指纹解锁。

iPhone SE后置摄像头像素提升至f2.2光圈、1200万像素，配备能够自动对焦的Focus Pixel技术、图像信号处理器、降噪技术、第三代局部色调映射功能，面部识别功能。

iPhone SE支持4K视频拍摄，分辨率高达3840x2160。可以在iPhone SE上同时编辑两条4K视频流。

iPhone SE支持True Tone®闪光技术，即使在弱光环境中也能用FaceTime HD摄像头拍摄高亮的自拍照。

iPhone SE可以拍摄高达6300万像素的全景照片，捕捉高达60pfs的1080p视频和高达240fps的慢动作视频，支持视频防抖功能的延时摄影，以及影院级视频防抖功能。

电池容量上，iPhone 5s为1560毫安、iPhone SE为1624毫安，iPhone SE续航能力比iPhone 5s提升50%以上。

iPhone SE加入了NFC芯片，支持NFC功能，对于苹果推出的Apple Pay功能有较好的支持。

iPhone SE工作环境温度：0至35摄氏度（32至95华氏度）；非工作温度：-20至45摄氏度（-4至113华氏度）；相对湿度：非凝结状态下5%至95%；工作高度：测试最高可达3000米（10000英尺）。

iPhone SE体现了Apple在持续推进环保方面所做的努力。具备以下设计特色以减少对环境的影响：

iPhone SE首批上市国家和地区包括：澳大利亚，加拿大，中国大陆地区，法国，德国，中国香港，日本，新西兰，波多黎各，新加坡，英国，美属维尔京群岛和美国。

第二批是：阿尔巴尼亚，安道尔，奥地利，巴林，比利时，波斯尼亚和黑塞哥维那，保加利亚，克罗地亚，捷克共和国，丹麦，爱沙尼亚，芬兰，希腊，根西岛，泽西岛，匈牙利，冰岛，印度，爱尔兰，马恩岛，意大利，科索沃，科威特，拉脱维亚，列支敦士登，立陶宛，卢森堡，北马其顿，马尔代夫，马耳他，摩纳哥，荷兰，挪威，波兰，葡萄牙，罗马尼亚，俄罗斯，沙特阿拉伯，斯洛伐克，斯洛文尼亚，西班牙，瑞典，瑞士，土耳其，阿联酋以及中国台湾地区。

2016年07月21日，根据专业市场研究公司CIRP（Consumer Intelligence Research Partners）给出的最新数据显示，二季度iPhone SE拿下美国iPhone市场16%份额，已经成为苹果第三大机型。

新发布的iPhone SE延续了iPhone 5s的设计，苹果希望这款产品能进一步满足喜爱小屏的用户需求。而3288元其的价格也让它成为苹果史上上市价格最低的iPhone。（手机中国评）

虽然说iPhone SE的外观设计与iPhone 5s很像，iPhone SE并不是一款吃回头草的智能手机，而每一代的 iPhone手机，其实都是苹果公司（Apple）一种自我改进和变化的过程，即使有些方面初看起来是倒退，其实这也是为了更好的前进而做出的妥协。（威锋网评）

2016年4月，有大批用户表示手中的iPhone SE屏幕部分区域明显发黄，尤其是屏幕的四周边缘部分，看起来像是放久了的白纸一样。

用户在苹果支持论坛上的投诉表明连接iPhone SE的蓝牙设备声音听起来像是机器人，而且失真。另外，蓝牙数据传输也不正常。

2016年5月17日，苹果公司（Apple）推送了iOS9.3.2正式版更新，这个更新将修复iPhone SE的蓝牙配件与其配对后可能出现的音频质量问题。

2022年4月，据LeaksApplePro最新爆料，iOS 16确定移除对iPhone 6s、iPhone 6s Plus以及第一代iPhone SE的支持。